Науково-інноваційна діяльність у ЗВО «Подільський державний університет» є невід'ємною складовою його освітньої місії і здійснюється з метою інтеграції наукової, навчальної та виробничої діяльності у світовий освітній простір.
Цілеспрямована діяльність різних поколінь науковців університету упродовж 100 років його існування забезпечила створення численних наукових шкіл агрономів, ветеринарів, зооінженерів, економістів, агроінженерів і педагогів. Усіх їх єднає розуміння необхідності спрямувати свої зусилля на поглиблення фундаментальних і прикладних наукових досліджень, покликаних забезпечити послідовний розвиток аграрної науково-освітньої сфери життя українського суспільства.
Наукова та науково-технічна діяльність університету провадиться відповідно до Законів України "Про вищу освіту " та "Про наукову і науково-технічну діяльність ", пріоритетними напрямами якої є:
- збереження та вивчення генофонду гречки з метою розширення національного банку зародкової плазми роду Fagopyrum;
- розробка та дослідження альтернативних систем енергопостачання;
- розробка та впровадження в клінічну практику ефективних методів ветеринарного обслуговування тварин;
- розробка нових підходів оцінки мікробіологічної безпечності продуктів харчування за рахунок удосконалення нормативно-методичної бази контролю;
- науково-інноваційні проблеми ботанічного саду;
- розробка конструкцій природно-техногенних геоекосистем з підвищеними рівнями екологічної безпеки;
- сприяння конвергенції розвитку аграрної сфери до євростандартів;
- дослідження проблем компетентнісно-особистісного підходу у підготовці фахівців-аграріїв;
- розширення діяльності університету у впливових міжнародних організаціях, проектах, програмах, створення спільних з міжнародними організаціями структур.
Науково-дослідна робота в Університеті має системний комплексний характер, охоплює важливі аспекти теорії і практики аграрної науки та освіти, орієнтована на одержання нових науково-прикладних результатів та їх ефективне використання у практичній діяльності.
Наукові дослідження виконуються на базі інфраструктури чотирьох факультетів, двох інститутів, науково-дослідного центру "Поділля" та сімнадцяти науково-дослідних і навчально-наукових лабораторій. Окрім того, наукову діяльність забезпечують: наукова бібліотека, ботанічний сад і наукові музеї.
Особливе місце займає науково-дослідний інститут круп'яних культур ім. О.С. Алексеєвої, діяльність якого спрямована, в першу чергу, на підтримку та збереження колекції світового генофонду гречки роду Fagopyrum Mill.
Наукова діяльність університету забезпечується високопрофесійними науковими та науково-педагогічними працівниками, які є основою складової наукового потенціалу. Нині в Університеті на постійній основі працює понад 90,0 % співробітників, які мають науковий ступінь. Університет і надалі працює над оновленням та якісним поліпшенням наукового кадрового потенціалу, як найголовнішого чинника успішного провадження наукової діяльності.
У формуванні наукового потенціалу університету беруть участь аспіранти і докторанти. Профіль підготовки аспірантів відповідає пріоритетним напрямам наукової діяльності університету та фактично охоплює всі напрями, за якими в Університеті здійснюється підготовка фахівців за відповідними спеціальностями.
Окрім аспірантури і докторантури, в університеті функціонує дві спеціалізовані вчені ради:
- Д 71.831.01 з правом прийняття до розгляду та проведення захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) сільськогосподарських наук за спеціальностями 06.01.09 "Рослинництво" і 06.01.12 «Кормовиробництво і луківництво»
- Д 71.831.02 з правом прийняття до розгляду та проведення захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) економічних наук за спеціальностями 08.00.03 "Економіка та управління національним господарством" та 08.00.04 "Економіка та управління підприємствами (за видами економічної діяльності)".
Під керівництвом провідних науковців Університету захищено десятки кандидатських та докторських дисертацій. Зокрема, протягом останніх п'яти років науково-педагогічними працівниками університету захищено 54 кандидатських і 16 докторських дисертацій.
Щороку в університеті виконується біля двохсот науково-дослідних робіт. Протягом останніх п'яти років співробітниками Університету виконано 102 науково-дослідних роботи за кошти замовників.
Наукова і науково-технічна продукція, отримана в результаті досліджень, щорічно впроваджується в практику як на локальному, так і регіональному рівнях шляхом оприлюднення та апробації результатів. Об'єктами впровадження є органи державної влади та місцевого самоврядування, навчальні заклади й наукові установи. Про це свідчать програми науково-технічних заходів (конференцій, семінарів, вебінарів, форумів, "круглих столів" тощо). Протягом звітного періоду на базі університету проведено 151 науковий захід, з яких 40 міжнародних і 68 всеукраїнських конференцій.
За результатами досліджень учених Університету щорічно виходять друком сотні наукових праць, зокрема, в зарубіжних наукових журналах, що вводить результати досліджень у міжнародний науковий обіг.
Протягом останнього п'ятиріччя результати наукових досліджень Університету оприлюднено в 55 монографіях. Кількість опублікованих наукових статей нараховувала 1281 одиниць, з них – 195 за кордоном. Апробація наукових досліджень шляхом опублікування тез доповідей становить 2788 одиниць, в тому числі 173 за кордоном. А розподіл наукових статей за публікацією їх у провідних наукометричних базах свідчить про те, що протягом цього періоду опубліковано 34 статті у Scopus і 43 – у Web of Science.
В університеті створено 159 одиниць науково-технічної продукції, серед якої нової техніки – 24, нових технологій – 44, нових матеріалів – 2, сортів рослин та порід тварин – 7, методів і теорій – 38, рекомендацій – 36. Впроваджено у виробництво 123 і в освітній процес 148 одиниць продукції.
Наукова продукція університету, як результат наукової і науко-технічної діяльності, відображається у різних формах інтелектуальної власності. Університетський банк об'єктів інтелектуальної власності за останні п'ять років поповнився 180 охоронними документами. Патентно-ліцензійна і винахідницька робота університету базується на правових основах захисту об'єктів інтелектуальної власності України. Вона спрямована на створення, оформлення та охорону прав інтелектуальної власності співробітників, підвищення ефективності їх використання, пошук нових технологічних (технічних) рішень, що забезпечує покращення якості науково-дослідних робіт та дає можливість подальшого трансферу об'єктів інтелектуальної власності.
В університеті та його підрозділах успішно функціонує Наукове товариство студентів та молодих учених. Серед основних його здобутків за звітний п'ятирічний період – 68 переможців Всеукраїнських і міжнародних конкурсів студентських науково-дослідних робіт з 200 наших учасників.
Університет шостий рік поспіль є базовим закладом вищої освіти з проведення ІІ-го туру Всеукраїнського конкурсу студентських наукових робіт зі спеціальності "Економіка сільського господарства і АПК", в якому беруть участь більше 500 студентів з різних закладів вищої освіти України.
Поширенню наукових здобутків науково-педагогічних працівників сприяє наявність низки наукових періодичних видань, засновником та співзасновником яких є університет, а саме: наукові журнали – "Подільський вісник: сільське господарство, техніка, економіка" (включено до категорії "Б" Переліку наукових фахових видань України згідно наказу МОН України № 886 від 02.07.2020р.), "Інститут бухгалтерського обліку, контроль та аналіз в умовах глобалізації" (включено до категорії "Б" Переліку наукових фахових видань України згідно наказу МОН України № 1643 від 28.12.2019р.), "Економічний дискурс" (включено до категорії "Б" Переліку наукових фахових видань України згідно наказу МОН України № 409 від 17.03.2020р.), "Інноваційна економіка" (включено до категорії "Б" Переліку наукових фахових видань України згідно наказу МОН України № 409 від 17.03.2020р.), "Професійно-прикладні дидактики".